Bom Garoto Eu não sei direito oque é Trojans, mas se se trata de um programa o certo é ele não danificar nada após a desinstalação, pode acontecer de baixar seu desempenho caso o programa seja pesado apos a desinstalação, mas no caso não danifica nada pode ter alguns fragmentos dele após isso no seu HD sugiro vc fazer uma desfragmentação de disco se é seu caso que procura manter desempenho no seu computador, isso pode levar horas mas é uma maneira de deixar seu PC mais Limbo e organizado ... Ajudei ?
Não sei o que te dizer, sinceramente, mas faz o que te falaram guarda os arquivos em outro HD e formata esse. Tenha cuidado, tenha um antivírus no seu pc, é só isso que posso te falar, de resto não sei, me desculpe.
Danificar nem tanto, mais virus seu PC tem agora, e com esses programas só piorou tudo, útilize o CCleaner ou AdwCleaner para fazer coisas do gênero.