Isso acontece, porquê, ao gravar a tela do jogo em resolução máxima, o seu computador não irá processar todo o desempenho e o fraps irá proporcionar quedas de FPS, travando todo o jogo.
Por exemplo, muitas pessoas, ao tentarem gravar Minecraft com o Fraps, com uma máquina relativamente boa, sofrem dessas caídas de FPS
Para resolver esse problema, ou pelo menos amenizar, você deve ativar uma configuração no FRAPS que irá permitir que você grave apenas metade da resolução do jogo.
1- Ao abrir o Fraps, clique em "Movies"
2- Nas opções de "Video Capture Settings", selecione a opção "Half-Size"
3- Pronto, agora a gravação irá diminuir um pouco a qualidade (coisa que se resolve em um bom editor) e as quedas de FPS irão diminuir em 70%
Espero ter ajudado.
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